Przy planowaniu ogrzewania podłogowego należy uwzględnić odpowiednią ilość miejsca na izolację. Stosowna grubość powłoki izolacyjnej zabezpieczy budynek przed stratą temperatury do ziemi i podbudowy. Im grubsza warstwa tym lepiej, aczkolwiek powszechnie przyjmuje się wartość przynajmniej 10cm dla podłogi na gruncie, natomiast dla stropu akceptuje się wartość około 2,5 cm. Poprzez zastosowanie odpowiedniej warstwy ochronnej ocenia się, że 85% ciepła trafia z powrotem do budynku. Do izolacji podłogi stosuje się panele ze styropianu typu EPS lub XPS. Pierwszy typ styropianu formują spienione granulki zgniecione w blok, który w kolejnym etapie przecinany jest na mniejsze płyty. Jego powierzchnia jest porowata, co powiększa jego właściwości do nasiąkania. Bardziej praktycznym wyborem są panele XPS, które produkowane są o docelowych wymiarach. Tafle te mają jednolitą strukturę o gładkiej powierzchni. Ważną sprawą jest klasa styropianu, czyli ilość materiału wykorzystana na wyprodukowanie określonej paczki styropianu. Im wyższa waga tym właściwości izolacyjne są lepsze. Do izolacji ogrzewania podłogowego nie stosuje się folii metalicznej gdyż nie posiada ona cieplnych właściwości izolacyjnych. Stosuje się ją w celu ochrony tafli ze styropianu przed wodą z warstwy betonu oraz do wyznaczania obszarów na rury ogrzewania podłogowego.